Структура органов исполнительной власти Республики Марий Эл представляет собой перечень всех органов исполнительной власти, с последующими изменениями и дополнениями структуры в течение срока полномочий действующего правительства.
Утверждается Главой республики с 1995 г. при каждой смене Правительства (в период работы Правительства одного состава в неё вносятся изменения).
В течение последних 10 лет правительственная система менялась несколько раз. Наибольшие реформы государственного управления провёл в 2017 году глава Марий Эл Александр Евстифеев.
По состоянию на 15 сентября 2023 года в структуру правительства входят 14 министерств и 8 ведомств. Согласно действующей конституции республики, все решения о создании и упразднении органов исполнительной власти принимает глава Марий Эл.
2014
18 декабря 2014 года глава Марий Эл Леонид Маркелов подписал указ «Об изменении в структуре органов исполнительной власти Республики Марий Эл». В документе говорилось о присоединении Республиканской службы по тарифам к Министерству экономического развития и торговли.
2017
В 2017 году Марий Эл возглавил Александр Евстифеев, который 27 октября утвердил новую структуру органов исполнительной власти. У главы правительства сократили число заместителей – вместо 10 их стало 7. При этом зампреды не совмещали посты министра и замглавы как это было ранее. Были образованы Министерство по внутренней политике, развитию местного самоуправления и юстиции, а также Управление делами Главы Республики Марий Эл и Правительства Республики Марий Эл.
Министерство спорта объединили с Комитет по туризму. Новое ведомство назвали Министерством молодежной политики, спорта и туризма Республики Марий Эл, передав ему функции от Министерства образования и науки по реализации государственной молодежной политики.
Департамент экологической безопасности, природопользования и защиты населения был преобразован в Комитет гражданской обороны и защиты населения.
Министерство лесного и охотничьего хозяйства переименовали в Министерство природных ресурсов, экологии и охраны окружающей среды, наделив его полномочиями в области природопользования, недропользования.
Министерство экономического развития и торговли было переименовано в Министерство промышленности, экономического развития и торговли. Новое ведомство получило полномочия в сфере промышленности. В свою очередь Министерство промышленности, транспорта и дорожного хозяйства стало называться Министерством транспорта и дорожного хозяйства.
2022
Глава Марий Эл Юрий Зайцев 26 октября 2022 года постановил образовать Департамент по охране, контролю и регулированию использования объектов животного мира, Комитет молодежной политики, а также Комитет по регулированию контрактной системы в сфере закупок Марий Эл.
В свою очередь Министерство социального развития объединили с Департаментом труда и занятости населения. Ведомство стало называться Министерством труда и социальной защиты. Департамент информатизации и связи стал Министерством цифрового развития, а Министерство молодежной политики, спорта и туризма переименовали в Министерство спорта и туризма республики.
2023
Управление делами Главы Республики Марий Эл и Правительства Республики Марий Эл, образованное Александром Евстифеевым в 2018 году, было упразднено. Его функции 15 сентября 2023 года передали в администрацию главы региона.